转眼,暑假临近结束,新的故事也由此开始。在第2期的故事中,罗马正教的登场将魔法侧的故事拓展到了学园都市,而上条他们的战斗舞台也将走向世界。另一方面,通过描述学园都市的学生生活和潜伏在其背后的黑暗,科学侧的故事也将会逐步展开。